Nació en Varsovia, 31 de enero de 1835. En 1869, gracias a la gestión de Ernest Malinowski, firmó un contrato de locación de servicios – por tres años – con el Estado peruano a través del representante del gobierno del Perú en Francia. El contrato estipulaba que entraba al servicio de la República del Perú para ejecutar, de acuerdo con las órdenes del gobierno, todos los trabajos relacionados con su profesión, particularmente los trabajos hidráulicos. Asimismo, se comprometía a la creación de una Escuela de Ingenieros, en caso de que el gobierno lo decidiera.
Llegó al Perú en diciembre de 1869. Desde enero de 1870 cumplió con varios estudios y misiones encargadas por el Estado peruano, como los trabajos de construcción del Ferrocarril de La Oroya y la participación en la comisión encargada de redactar un nuevo Reglamento del Cuerpo de Ingenieros. En 1872, el Estado peruano le renovó el contrato, y el Presidente de la República, Manuel Pardo, le encargó viajar a Europa para conseguir profesores, programas, libros y material de enseñanza para la futura Escuela de Minas. En cumplimiento de esta misión, comprometió e hizo venir al Perú a los mejores técnicos de la emigración polaca: Folkierski, Babinski, Kruger, Ksawery Wakulski y otros. Él mismo vino a ser el fundador y primer director de la Escuela Especial de Ingenieros de Construcción Civiles y Minas, inaugurada en 1876 y conocida actualmente como la Universidad Nacional de Ingeniería (UNI).
En 1880, durante la Guerra del Pacífico, las instalaciones de la Escuela de Ingenieros se convirtieron en el cuartel general de las tropas chilenas. Don Eduardo realizó algunas gestiones y logró salvaguardar parte del archivo de la secretaría y de la dirección.
Fue miembro fundador de la Sociedad Geográfica de Lima, presidente de la Asociación de Ingenieros, autor de la iniciativa de publicar el periódico científico “Anales de construcciones civiles y de minas del Perú” y co-organizador de uno de los observatorios astronómicos más altos del mundo.
Casado con Virginia Brando, tuvo cuatro hijos varones y una hija, Jadwiga. Su hijo Eduardo de Habich Brando se casó con Marta María Trefogli, hija del arquitecto suizo Michele Trefogli.
Falleció en Lima el 31 de octubre de 1909 y sus restos reposan en un mausoleo ubicado en el Cementerio Presbítero Matías Maestro de la capital peruana.
